在没有完全治疗的情况下，经过20-50年，体内免疫系统自发的将乙肝病毒清除，HBsAg自然转阴，抗-HBs出现，达到自愈，被称为表面抗原血清学转换或乙肝表面抗原“自然转阴”。这种自然转阴每年大约为0.5%-1.0%，多发生在乙肝病毒感染的第三期，而且随着年龄增长而增多。一般来说，在慢性乙肝病毒感染者的一生中，HBsAg自然转阴有两个高峰：第一个是在10-20岁，每年的自然转阴率约为2.7%；第二个高峰发生在50岁以后，每年的自然转阴率可以高达6.6%。目前，除了干扰素治疗后有3%-8%的患者发生HBsAg转阴，稍稍高于乙肝病毒的自然转阴率，还没有一种药物能肯定的清除乙肝病毒。